Již v urbáři z roku 1552 se mezi vcelku 13 trhonickými usedlíky objevuje jistý Petr s charakteristickým příjmením Mlynář…
Prvního února 1660 převzal mlýn v opět nezměněné ceně po zemřelém otci Janovi Matěj Mlynář. Jeho rodiče zemřeli současně, patrně v důsledku epidemie a poválečné ekonomické těžkosti zasáhly již i jejich mlýn. Svědčí o tom skutečnost, že zemřelý Jan Mlynář dlužil nejen za obecní sůl do města Poličky, ale i za vypůjčený dobytek a dokonce, což je u mlynáře překvapující, i za obilí. Matěj Mlynář musel tyto dluhy splácet místo závdavku na kupní cenu. Zbytek trhové ceny připadal na vyplacení podílů spoludědiců (sourozenců a matky). Dluhy zaplatil teprve roku 1666. V roce 1676 se trhonický mlýn o jednom kole jmenuje jako spustlý. To byl již Matěj Mlynář mrtev a mlýnskou usedlost spravovala pozůstalá vdova Dorota. Konkrétní příčiny spustnutí mlýna nejsou známy – svůj podíl na tom mohl mít i požár. Vdova po možném požáru pravděpodobně stačila pouze na nejnutnější opravu a udržování obytného a zemědělského příslušenství . 21. února 1681 vdova Dorota postoupila mlýnskou usedlost svému synu Petru Mlynáři. Petr Mlynář uvedl mlýn opět do provozu a 8. října 1690 jej směnil s Vavřincem Dvořákem.
Vavřinec Dvořák, jehož rodina v polovině 17. stol. držela největší trhonický grunt, se patrně v předpokládaném výnosu mlýna zklamal. 13. října 1695 jej prodal Matěji Chocholovi. Poměrně vysoký závdavek, který Chochola při koupi složil hotově, nasvědčuje dobrému stavu objektů i příslušenství. Matěj Chochola během pěti let provedl na mlýnské usedlosti blíže nespecifikovaná, ale výslovně připomenutá, zlepšení, vyjádřená sumou 10 kop míš., o kterou vzrostla cena, když 24. listopadu 1700 koupil usedlost Josef Teska.
V roce 1703 byl již Josef Teska mrtev, neboť od tohoto roku purkrechtní splátky skládala pozůstalá vdova. Za ní 29. Listopadu 1714 pak mlýn vyhořel. Přičiněním Jiříka Tesky, který se po otci ujal v trhonicích mlynářského řemesla 15. ledna 1718 , se nicméně ve mlýně již zase mlelo. Jiřík Teska se osvědčil jako dobrý hospodář, purkrechtní splátky splácel pravidelně až do roku 1736, kdy i se svým synem sběhl pro víru z poličského panství, aniž by litoval úplné ztráty majetku, která ho v důsledku toho postihla.
Opuštěný grunt – mlýn připadl poličskému magistrátu. Zápisem z 26. listopadu 1740 po uplynutí čekací lhůty jej i s polnostmi magistrát prodal Václavu Ehrenbergerovi, příslušníku rozvětvené mlynářské rodiny původem z Radiměře.
Zlepšená situace na poličském panství, kde počátkem 18. stol. byl překonán úpadek, trvající od třicetileté války a osobní vlohy Václava Ehrenbergera měly zásluhu na zvýšení výnosu jeho zemědělského podnikání i mlynářského řemesla, jež při něm provozoval. Nepochybně to byly dobré ekonomické výsledky, které umožnily nejen mlýnskou usedlost zcela zaplatit, ale do roku 1782 také dále zhodnotit. Zhodnocení mlýnské usedlosti spočívalo prokazatelně ve vybudování nové pily a olejny, neboť tyto objekty se poprvé při usedlosti jmenují ve smlouvě z 28. Prosince 1782, kterou se v její držení po zemřelém otci Václavovi, uvázal Josef Ehrenberger. Vybudování pily před rokem 1782 si ovšem vyžádalo změny na dosavadním technologickém zařízení, především pokud jde o pohon. Pro pilu situovanou nepochybně na dnešním místě, muselo být zřízeno druhé vodní kolo také na horní pohon, jako původní kolo mlýnské. Instalaci druhého vodního kola současně podmiňovala patřičná úprava vyústění mlýnské strouhy. Vodní poměry přitom asi dovolovaly jen vyjímečně řezání dřeva a mletí obilí současně. Za normálního stavu vody zřejmě mohl mlynář mlet a řezat jen střídavě. Pořízení olejny bylo patrně mnohem méně náročné, jelikož byla podle všeho vybavena ručním lisem.
Pozemkovou výbavou grunt Petra Mlynáře patřil k nejmenším v obci. Jeho grunt – mlýn těsně před rokem 1590 zdědil v ceně 161 kop grošů míšeňských vlastní syn Jíra Mlynář, který byl povinen ve splátkách z ceny mlýna zaplatit svým devíti sourozencům, matce a dalším příbuzným po 10 kopách míš.
Pravděpodobně v prvních letech třicetileté války přešel mlýn cestou dědictví na Jírova syna Jana Mlynáře, jenž se na něm dokládá roku 1637. Převzal mlýnskou usedlost v nezměněné ceně 161 kop gr. míš., přičemž k roku 1654 se sděluje, že jeho mlýn měl jedno vodní kolo. Ekonomická situace mlynáře byla v té době zřejmě uspokojivá, jak patrno z toho, že mohl držet tři potahy (koně a voly), 5 krav, 2 jalovice, 2 vepře a obdělávat téměř dvě třetiny polí, které měl k dispozici. Zdá se, že odlehlá poloha Trhonic je v průběhu válečných akcí uchránila od nejhoršího. Na nepřímých důsledcích války naopak Jan Mlynář alespoň dočasně vydělal, neboť po třicetileté válce vedle řemesla obhospodařoval druhý největší grunt ve vsi.
Josef Ehrenberger, jež mlýnskou usedlost vlastnil dvacet let (1782-1802), úspěšně navázal na zvelebovací činnost svého otce. Kromě dobré péče o stávající konstrukce přistavěl ještě pazdernu, která obdržela konstr. číslo 16. Stála od mlýna odděleně, buď za dnešní silnicí, nebo za sklepem , jehož stavebníkem byl zřejmě tentýž hospodář. V nikoliv horším stavu pak v roce 1830 převzal mlýnskou usedlost pro špatný zdravotní stav svého otce Václav Ehrenberger ml.. Je možno mu připsat stavební úpravu části jihovýchodního průčelí usedlosti v roce 1843, a to podle letopočtu na štítě. Další stavební úpravy jsou již dílem jeho nástupců, stejně jako modernizační úpravy technologického zařízení mlýnice a pily.
Písemné a grafické podklady pro sledování osudů, případně proměny mlýnské usedlosti v dalším průběhu 19., ale i 20. století schází.
Mlýn stojí v jižní dolní části obce Trhonice, západně od cesty do Ubušína. Vodní energii mu zajišťoval jednoduchý stav (bez rybníka) na Hraničním potoku, vybudovaný východně od cesty do Ubušína a usměrňující vodu do náhonu, který byl sice mělký, ale pro zde uplatněný systém horního pohonu vodních kol s menšími nároky na množství vody dostatečně dimenzovaný. Rýha náhonu je v terénu po celé délce trasy zřetelně patrná i dnes, po stavu však nezbylo ani stopy. Rybník sice již dříve byl v příslušenství mlýna, avšak s jeho pohonem ani místně ani funkčně neměl nic společného.
Povšechný půdorys mlýnu vykazoval zhruba dnešní stav, podobně i stavení pily, jakož i nástavba sklepa, za kterým se severně nacházela další stavba, v dokladech označená jako hospodářská. Východně za cestou do Ubušína stál domek č. 16, dochovaný po přestavbě dodnes. Pozemkové příslušenství mlýnské usedlosti se rozkládalo v dlouhém pásu na západ a východ, přičemž sledovalo údolí Hraničního potoka na jeho pravém břehu. Hlavní díl polí se pak nacházel o něco výše, západně od vozové cesty mezi mlýnem a obcí.
V souladu s obecným rozvojem mlecí techniky v našich zemích v průběhu druhé pol. 19. stol. nahradily i v trhonickém mlýně dosavadní tradiční kamenné složení výkonnější válcové stolice (dodnes zachovány tři), přičemž kamenného složení bylo zřejmě ještě nějaký čas užíváno za účelem šrotování (dochovalo se rovněž). Zařízení mlýnice v té době doplnily také vysévače a mechanické dopravníky meliva. Posledním krokem v modernizaci mlýna se stala instalace naftového motoru o 10 HP, který byl hřídelemi propojen nejen s transmisí v mlýnici, ale i s pilou na protější straně náhonu. Pořízením motoru, se kterým patrně souvisela i modernizace strojního zařízení pily, pravděpodobně datovaná letopočtem 1908, se dosavadní vodní kola – mlýnské i pilové – stala zbytečnými. První z nich zůstalo na místě nejspíše pro případ nutnosti nouzového pohonu, druhé bylo zcela odstraněno, a to i s příslušenstvím. Přes uvedené modernizace však mlýn, spadající do kategorie tzv. mlýnů řemeslných, nemohl obchodním průmyslovým mlýnům konkurovat nijak dlouho. Podle ústních údajů obyvatel se v něm mlelo naposled v roce 1941.